Mobilisé dans l'armée allemande de 1914 à 1917, Eugène Kohler est chargé de la gérance d'une propriété rurale en Pologne.
De retour à Strasbourg, il est embauché comme lecteur de français et de philologie romane à l'Université alors qu'elle est encore allemande.
Après le retour de l'Alsace à la France. il est nommé maître de conférences à la Faculté des Lettres de Strasbourg et il y enseigne d'abord la philologie italienne et espagnole. Dès 1919, il crée les cours d’été à la faculté de Lettres destinés au personnel enseignant alsacien des écoles primaires, puis, à partir de 1921, aux étudiants étrangers.
En 1929, il est d'abord promu professeur sans chaire ; puis huit années plus tard, professeur titulaire de la chaire de philologie espagnole et italienne qui vient de se créer.
Mobilisé en 1939 comme officier de réserve dans l'armée française, il rejoint, après l'armistice de 1940, l'Université de Strasbourg repliée à Clermont-Ferrand.
De retour en Alsace après la Libération en 1945, il devient Directeur d'études pour les langues méridionales, sa bibliothèque personnelle est estimée à environ 4000 ouvrages. C'est en 1952 qu'il met en place l'enseignement du portugais conduisant à deux certificats supérieurs : la philologie et la littérature. Il fait valoir ses droits à la retraite en 1958 et prend le statut de professeur émérite.
Pour son travail de correcteur et d'examinateur de langues espagnoles et italiennes au concours d'admission à l'Ecole navale, il est fait chevalier de la Légion d'honneur. Hispaniste réputé, E. Kohler a le privilège de recevoir trois titres honorifiques de la part des instances espagnoles : commandeur de l'ordre d'Alphonse X le Sage, commandeur du Mérite Civil et officier de l'Ordre d'Isabelle la Catholique.
